Siêu sao người Argentina đã đốt lưới 38 CLB khác nhau tại Champions League. Sau đây là 10 đội bóng bị Messi ghi bàn nhiều nhất.
10. Manchester United – 4 bàn: Messi khiến Quỷ đỏ nước Anh ôm hận khi ghi bàn trong 2 trận chung kết (2009 và 2011). Năm 2019, Leo lập một cú đúp ở lượt trận tứ kết, giúp Barca giành thắng lợi 4-0. 
9. Bayern Munich – 4 bàn: Leo 2 lần lập cú đúp vào lưới Hùm xám (2009 và 2015), và cả 2 lần đó Barca đều đăng quang chức vô địch. 
8. Olympique Lyon – 5 bàn: Messi có 5 lần đối đầu với Lyon tại Champions League, và anh nổ súng đến 4 lần. 
7. PSG – 6 bàn: Siêu sao người Argentina có 6 lần đốt lưới đội bóng hiện tại mà anh đang khoác áo. PSG giờ đây có thể thở phào nhẹ nhõm khi không phải đối đầu với Messi. 
6. Ajax – 6 bàn: El Pulga lập một cú hat-trick vào lưới Ajax ở mùa giải 2013/14 tại vòng bảng. 1 năm sau, Messi ghi bàn trong cả 2 lượt trận đụng độ đại diện Hà Lan, 1 tại Camp Nou và 2 tại Amsterdam. 
5. Manchester City – 7 bàn: Messi thực sự là “cơn ác mộng” của The Citizens, khi họ bị tiền đạo sinh năm 1987 chọc thủng lưới 7 lần kể từ lần đầu đụng độ ở mùa giải 2013/14. 
4. Bayer Leverkusen – 7 bàn: Messi là cầu thủ đầu tiên trong lịch sử ghi được 5 bàn trong một trận đấu tại Champions League, và Leverkusen chính là nạn nhân (2011/12). 
3. AC Milan – 8 bàn: Trong 8 lần đối đầu với Rossoneri, Messi có 8 lần đốt lưới đại diện nước Ý. 
2. Celtic – 8 bàn: Messi chỉ có 6 lần đụng độ đại diện Scotland, nhưng anh có 8 lần sút tung lưới đối thủ. 
1. Arsenal – 9 bàn: Pháo thủ thành London là con mồi ưa thích nhất của Messi với 9 pha lập công. Trong đó có một cú poker ở mùa giải 2009/10.
Bàn thắng đầu tiên của Lionel Messi tại đấu trường Champions League:
